临床分子诊断实验室于2002年获得全国第三家、西南地区首家国家级临床基因扩增检验技术资质的临床基因扩增检验实验室，拥有加强型二级生物安全实验室，并通过省CDC技术验收。现有专业检验人员7人，高级职称3名，中级职称1名，博士学位2人，硕士学位3人。所有人员均经省级以上临床基因扩增检验实验室人员上岗培训合格，持证上岗。

临床分子诊断实验室拥有荧光定量PCR、分子杂交、等温（恒温）扩增、流式荧光、一代测序和二代测序等先进的分子诊断技术， 拥有COBAS AmpliPrep/ Taqman全自动病毒核酸检测系统、 ABI 7500型、7500fast型、QuantStudio 5型、BioRad CFX96型、罗氏LightCycler480型实时荧光定量PCR仪、Luminex 100流式荧光点阵仪、ABI 3500Dx测序仪、博奥RTisochip-W型等温扩增仪、Liferiver Autrax全自动核酸提取工作站等。  

临床分子诊断实验室提供消化系统、呼吸系统和泌尿生殖系统等感染的分子诊断服务，项目包括乙肝病毒（HBV）-DNA定量检测、HBV基因分型、HBV耐药基因突变检测、丙肝病毒（HCV）-RNA定量检测、HCV基因分型、多种性传播疾病相关病原体（NG, CT, UU，HSVⅡ）DNA定性检测、生殖支原体(MG)-RNA定性检测、HIV-RNA定量检测、巨细胞病毒（HCMV）-DNA定量检测、EB-DNA定量检测、BK-DNA定量检测、JC-DNA 定量检测、B族链球菌（GBS）-DNA 定性检测、白色念珠菌（CA）-DNA 定性检测、热带假丝酵母菌（CT）-DNA 定性检测、光滑假丝酵母菌（CG）-DNA 定性检测、结核杆菌（TB）-DNA定性检测、肺炎支原体（MP）-DNA定性检测、肺炎衣原体（CP）-DNA定性检测、嗜肺军团菌(LP)-DNA、甲乙流感病毒（IFVA/B）-RNA定性检测、单疱病毒Ⅰ型(HSVI)-DNA、单疱病毒Ⅱ型（HSVII）-DNA、 HPV-DNA基因分型检测、EV71/CA16及通用型肠道病毒核酸检测、新型冠状病毒（SARS-CoV-2）-RNA定性检测、呼吸道6项病毒核酸检测、呼吸道13项病原体核酸检测等，为疾病预防、早期诊断、临床治疗方案确定和疗效判断提供帮助。  

临床分子诊断实验室高度重视临床检测质量和服务能力的提升，建立了完善的质量管理体系，近年来不断开展新项目满足临床需求，同时积极参与全院疑难感染性疾病MDT会诊。开展项目于2009年获得了医学实验室ISO15189的认可并持续维持至今。历年来参加的国家和省临床检验中心组织的室间质量评价活动，各项目成绩均符合要求。

临床分子诊断实验室具有较强的科研能力，长期致力于感染性疾病的分子诊断的基础和临床研究。实验室人员负责或参研各级科研课题10余项，发表科研论文20余篇，SCI收录4篇。

临床分子诊断实验室承担了成都中医药大学、西南医科大学、川北医学院等多家医学院检验专业本、专科学生和全省各级医院检验科进修生的带教工作，每年培养优秀的临床分子诊断检验人员上百名。

 临床分子诊断实验室是四川省唯一的临床基因扩增检验技术的培训基地，现在已为四川省及其西南地区培训合格的临床基因扩增检验技术上岗人员千余人，并承担了四川省临床分子诊断实验室室间质量评价工作及技术指导服务，为全省临床分子诊断技术水平和服务能力的提升做出了重要贡献。