四川省人民医院肾脏病理中心依托四川省肾病研究所，创建于1992年，1996年开始建立肾脏专科病理中心，逐渐成长为集临床医疗、科研、教学为一体的国家临床重点专科实验室。

病理中心配备了专业肾穿室，在本科室高年资专科医生与病理医生密切合作下完成超声引导下经皮肾穿刺活检，保证穿刺标本质量。除常规肾穿外，中心还完成疑难病例肾穿，包括儿童肾活检、移植肾活检等，并且长期接受来自全省各医院的肾脏标本。年活检例数约1200例，年诊断例数已达1300例。标本常规进行普通光镜、免疫病理、光镜和透射电镜等检查，是西南地区唯一一家将临床和病理密切结合的肾脏病理诊断中心，诊断达到国内先进水平。

本科室病理中心长期参与外院活检病理疑难会诊。数十年来每年召开全省病理研讨会，是西南地区肾脏病理学的先驱和领军单位，为四川肾小球疾病的诊断和治疗作出了重要的贡献。